A história de Origem do Povo Karaja acredita que veio na profundeza do Rio Araguaia. O lugar sagrado se encontra no Rio Araguaia que fica próxima da cidade de Santa Terezinha, no Estado de Mato Grosso e também da Aldeia Macaúba, na Ilha do Bananal no Estado de Tocantins. No fundo da água vivia em clã e cada família tinha seu líder para representar no conselho da comunidade. Um dia um líder de um clã falou aos membros para procurar um lugar ideal para morar. E não encontrava o lugar perfeito na profundeza do Rio Araguaia. Um certo dia organizaram para irem a caçar e no meio do caminho um rapaz se perdeu, pegando o outro trilho, e conseguiu chegar a uma gruta que entrava raio de sol ou que penetrava na gruta. E ele foi conferir o que era na gruta, e viu um raio de sol que penetrava do buraco e ele seguiu um raio até sair na superfície da terra e ele saiu da água, coletou a fruta que encontrou para levar a comunidade e mostrar que ele encontrou um lugar especial. E ele observou que tinha muitos peixes, animais e aves para ser alimentos do povo.
E ele voltou para casa muito feliz para contar ao seu povo. E quando de chegou para contar tudo o que viu na superfície da terra e ninguém acreditou do que ele contou, nem o seu líder do clã. Por isso ele pediu que escolhesse as duas pessoas de confianças do líder do clã para ir com ele até na superfície da terra. Ele partiu com essas pessoas de confianças. Depois de tudo que viram e voltaram aos seus povos para contar. E confirmaram o que o rapaz viu na superfície da terra, mas o povo Karajá não acreditaram neles o que relataram ou o que viram e novamente pediu ao líder do clã para acompanhasse para ver o local. E o líder aceitou ir com ele para conferir o local. E ele mostrou o local ao líder do clã, depois voltaram ao seu povo decidido a mudar para o local encontrado. O líder do clã reuniu para falar de um lugar encontrado que o rapaz estava falando a verdade e decidiu a mudar para o local.
E esta noticia espalhou para outros clãs. E outros clãs vieram pedir ao líder a vir com ele para superfície da terra. Todos os clãs foram aceitos pelo líder do clã que encontrou para sair da profundeza do rio. O primeiro saiu foi o líder com o seu clã e depois seguido por outros clãs. Último a sair foi a família do Koboi. Mas Koboi não saiu completamente do buraco por que era barrigudo. Saiu metade do corpo dentro do buraco, mas ele viu a árvore caído, e para que significa a existência da morte no ambiente. E ele decidiu voltar juntamente com a sua família e de seus seguidores para profundeza das águas.
O grande pajé colocou grande sucuri, o tipo Anaconda para proteger a passagem de voltar na profundeza do Rio Araguaia. No caso alguns clãs decidirem voltar motivado pelos conflitos das famílias na superfície da terra. Enquanto daqueles que saíram construíram as casas enfileirada na praia linda que tinha na próxima da saída, e este liderado pelo clã que descobriu um lugar. Por muitos tempos viveram em paz naquele local.
Então, ocorreu o primeiro conflito das famílias na primeira aldeia. Então, o grande líder do clã reuniu a todos, e disse a todos para procurar o lugar para na direção do Sul e no Norte na extensão do Rio Araguaia. Por isso aldeias Karajá se encontram na extensão do Araguaia. E protegeram a sua terra tradicional de outros povos inimigos aos longos tempos. A maior concentração da população se encontra no Estado de Tocantins, localizado na Ilha do Bananal. A Ilha do Bananal é plano estratégico de proteção da população dos inimigos, e estes são dois braços dos rios que dificulta da invasão do seu território tradicional. Este povo mantenha a sua cultura viva, a sua língua materna e de seu costume dentro de seu território.